Khi Goku còn nhỏ thì điểm yếu của Goku nằm ở cái đuôi, chỉ cần nắm được cái đuôi thì sức mạnh của Goku không còn nữa, sau này thượng đế (Sư phụ Goku) đã loại bỏ điểm yếu này bằng cách cắt cụt đuôi của Goku. Ngoài ra Goku cũng đã bộc lộ một số điểm yếu chẳng hạn như không thể tồn tại lâu trong môi trường chân không (Mặc dù đã khắc phục điểm yếu này nhờ việc chuyển đổi Super Saiyan God), chỉ có thể duy trì trạng thái Siêu Saiyan 3 trong một thời gian ngắn trước khi bị tiêu hao nhiều năng lượng và vượt quá sức chịu đựng, chỉ có thể dịch chuyển tức thời đến nơi có nguồn năng lượng đủ lớn để cảm nhận, Genki Dama - một đòn đánh uy lực vô song nhưng phải cần thời gian dài để có đầy đủ năng lượng đồng thời chỉ tác dụng đối với những người có tâm địa ác độc. Bản thân trạng thái Super Saiyan God cũng chỉ duy trì trong một thời gian giới hạn khi chưa làm chủ hoàn toàn, mặc dù vẫn có thể sử dụng sức mạnh của một Super Saiyan God sau khi hấp thụ hầu hết sức mạnh của trạng thái. Ngoài ra, Goku còn sợ kim tiêm và những thứ khác có liên quan tới bệnh viện.